一种羟胺氧化酶基因序列的PCR扩增及其生物信息学分析

摘要：

采用PCR法获得不动杆菌Acinetobactor sp.YY-5的一种羟胺氧化酶(Hydroxylamine oxidoreductase,HAO)编码基因序列并进行生物信息学分析.根据自养菌的HAO基因序列保守区设计4对引物,通过RT-PCR获得预期大小的部分序列,再采用Genome walking PCR法向所得的部分序列两侧延伸;对所得序列在NCBI中进行blast分析,并用FGeneSB进行开放滨码框(Open read frame,ORF)预测.结果表明,RT-PCR获得了一段462 bp的序列,通过Genome walking PCR向两侧延伸后,获得了一段3 152 bp长的序列;ORF预测结果显示所得序列可能有4个ORF,RT-PCR获得的462 bp序列所在ORF长555 bp,对应氨基酸序列相对分子质量(M)大小为20.2×103;在Genebank中进行的Blast比对分析显示,除保守区的引物序列外,未发现有与此ORF存在明显相似性的HAO基因,表明这可能是一种新型羟胺氧化酶基因.图5表3参14

关键词：不动杆菌、生物信息学、生物脱氮、氨氮、PCR、羟胺氧化酶、基因序列、开放读码框

所属期刊栏目：15

分类号：X172;Q78(环境生物学)

资助基金：国家自然科学基金项目30600487;国家"863"项目2006AA06Z334;天津市应用基础研究计划项目07JCYBJC07000

在线出版日期：2009-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：100-105