大花君子兰叶绿体基因组及其特征

摘要：

采用IlluiminaMiSeq测序平台对大花君子兰(Clivia miniata)叶片总DNA进行测序,通过组装获得了其叶绿体基因组(cpDNA)全长序列(158 114 bp).对其cpDNA注释得到135个基因,包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因.采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复(SSR)分析和密码子偏好性分析.结果显示:①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个,多数SSR分布在基因间隔区;②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U (T)结尾,亮氨酸使用频率最高,半胱氨酸使用频率最低.基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析,结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支,显示最近的亲缘关系,支持大花君子兰属于石蒜科.基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同,支持vcf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析.

关键词：君子兰、叶绿体基因组、简单序列重复、系统发育分析、ycf2

所属期刊栏目：47

分类号：S682.1+3(观赏园艺（花卉和观赏树木）)

资助基金：中国博士后科学基金项目;国家自然科学基金项目;林木遗传育种国家重点实验室开放基金项目

在线出版日期：2021-03-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：2439-2450