10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0885
葡萄Trihelix转录因子家族生物信息及其基因表达分析
利用生物信息学分析、预测葡萄Trihelix转录因子家族基因的特性与功能,为葡萄抗逆基因的挖掘和利用提供理论依据.以‘红地球’葡萄(Vitis vinifera)试管苗为试验材料,对葡萄Trihelix转录因子家族进行理化性质、染色体定位、二级结构预测、亚细胞定位、基因结构分析、motif以及基因芯片表达分析,并利用qRT-PCR技术分析该家族基因在400 mmol·L-1 NaCl、100 mmol·L-1 ABA和10％ PEG逆境下的表达情况.结果 表明,该转录因子家族在葡萄基因组中总共有27个成员,分布于11条染色体上,其中有10个成员集中分布在第14号和17号染色体上;氨基酸残基为175～880个,大多数具有疏水性.亚细胞定位分析表明,该基因家族主要存在于细胞核中.结构域分析显示,同一亚家族蛋白保守域结构高度相似.基因芯片表达结果显示,非生物胁迫下,叶片中Vv Trihelix6在PEG处理24 h后与对照相比呈显著上调趋势,当用NaCl处理4h和24 h后,与叶片对照相比有下调表达趋势;用ABA处理果实3d后,该基因在果实中呈下调表达,处理10 d后变化不明显.叶片中Vv Trihelix19转录因子经PEG、NaCl和冷胁迫处理24 h后明显下调;果实用ABA处理3d和10d后均有明显下调趋势.qRT-PCR分析表明该转录因子家族所有基因对逆境胁迫具有响应作用,但是,不同成员在不同逆境胁迫下的响应程度存在一定的差异.转录因子VvTrihelix6在400 mmol·L-1 NaCl和100 mmol·L-1 ABA处理下表达量极显著高于对照,分别是对照的15倍和8倍;Vv Trihelix19只在10％ PEG胁迫处理后呈显著上调表达.
葡萄、非生物胁迫、基因家族、生物信息学分析、基因表达芯片、qRT-PCR
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S663.1(果树园艺)
甘肃省委组织部陇原青年创新团队项目LQ2018091801;甘肃省现代水果产业体系项目GARS-SG-3;甘肃省科技重大专项18ZD2NA006
2019-09-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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