基于全基因组序列的马铃薯SSR标记开发与连锁图谱加密

摘要：

本研究检索了马铃薯全基因组范围内的SSR序列,并分析了其分布特点.通过开发设计位于目标染色体上的SSR引物,对连锁图谱进行加密和低温糖化抗性QTL定位.结果表明,马铃薯基因组上分布着28 609条SSR序列,平均分布于12条染色体上.其中2碱基、3碱基和4碱基基序SSR序列分别有15 943、11 053和1 613条,富含A或T的SSR数分别占2碱基、3碱基和4碱基基序SSR总数的88.6％、45.0％和26.0％.根据SSR序列两侧保守的侧翼序列,设计了位于5号染色体(chr05)上的SSR引物40对,其中有35对能有效扩增,20对引物的目标片段有多态性,13对引物的32个多态性位点定位到chr05上,将平均标记间距从9.0 cM缩小为1.7 cM,低温糖化抗性QTL的2 LOD置信区间从26.0 cM缩小为4.0 cM;6号染色体(chr06)上新设计SSR引物59对,有54对能有效扩增,25对引物的目标片段有多态性,12对引物的30个多态性位点被定位到chr06上,将平均标记间距从5.5 cM缩小为3.5 cM,低温糖化抗性QTL区间从9.0 cM缩小为3.7 cM.研究结果为抗低温糖化QTL的图位克隆奠定了良好基础,为马铃薯抗低温糖化分子育种提供了辅助标记.

关键词：马铃薯、SSR、标记开发、遗传图谱、QTL

所属期刊栏目：45

分类号：S532(薯类作物)

资助基金：湖北省科技创新重大项目2016ABA092;国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目CARS-09-P07

在线出版日期：2018-09-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：1551-1562