石榴转录组密码子使用偏向性

摘要：

对石榴(Punica granatum)转录组数据进行从头组装,预测完整CDS序列的密码子使用偏向性;将石榴转录谱与其他8种蔷薇分支物种基因组编码序列进行同义密码子相对使用度(RSCU)比较,并对石榴WRKY和MYB家族基因进行亚家族进化分析和RSCU比较.结果表明:(1)石榴转录组主要受自然选择压影响.密码子偏向性极强的基因多为细胞相关功能基因;没有密码子使用偏向性的基因多与维持生命活动本质相关.(2)基因差异高表达影响RSCU,CpG二核苷酸富集影响密码子适应性.(3)物种间亲缘关系越近,RSCU值越相似.对蔷薇分支物种密码子进行RSCU比较,石榴与巨桉(Eucalyptus grandis)偏向性基本一致.(4)亚家族功能分化影响密码子偏向性.石榴WRKY亚家族1、4和13在翻译精氨酸、亮氨酸时分别偏向使用AGG、CUC,这与其不断进化的抗逆功能相关.石榴MYB亚家族8在翻译苏氨酸时偏向选择ACA,这与其扩张中的木质化功能相关.

关键词：石榴、密码子使用偏向性、转录组、基因家族

所属期刊栏目：44

分类号：S665.4(果树园艺)

资助基金：国家自然科学基金项目31272143;南京林业大学高层次人才科研启动基金项目GXL2014070;江苏省普通高校研究生科研创新计划项目KYLX16_0857;南京林业大学优秀博士学位论文创新基金;江苏省高校优势学科建设工程项目

在线出版日期：2017-06-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共16页

页码：675-690