10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0298
菜薹转录组中SSR信息与可用性分析
利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene (38.17 Mb)序列数据,运用MIcroSAtellite(MISA)工具发现其中具有1～6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb(312.5/Mb).6种SSR位点类型中主要为1～3个核苷酸重复,占总SSR位点数的99.01％,其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11％、28.23％和29.67％.发现重复序列的基序58个,重复次数在5～ 23之间,其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT.重复序列长度在10 ～ 60 bp之间,大多小于20 bp,大于20 bp的仅有7.9％(938个SSR位点).设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合,从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性,发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定,其中12对引物具有多态性.
菜薹、转录组、SSR、可用性分析
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S634.5(蔬菜园艺)
广州市属高校科技计划项目1201420621;广州市科技计划项目2014J4100123;广东省自然科学基金项目2015A030310136,2015A030313500;广东高校省级重点平台和重大科研项目2015KGJHZ015;广东省科技计划项目2016B020201001
2016-11-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
1816-1824
