梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析

摘要：

基于生物信息学方法,对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测,共获得315条GAG序列.通过系统聚类,梨基因组中GAG序列可分为7个支系,第一和第三支系成员较多且保守性高.序列比对结果显示,不同支系GAG序列具有较高的异质性.在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员,其中有6个(Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30)为高丰度表达成员.遮光条件下,‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达,说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达.在摘袋后,‘美人酥’果皮中有2个成员(Ppgag5和Ppgag23)发生明显上调表达,说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控.

关键词：梨、Ty1-copia、GAG、表达分析

所属期刊栏目：43

分类号：S661.2(果树园艺)

资助基金：浙江省重点科技创新团队项目2013TD05

在线出版日期：2016-10-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1577-1584