菊属植物SCoT分子标记技术在遗传多样性分析中的应用

摘要：

采用正交设计方法,对Mg2+、dNTPs和引物浓度、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量等5个因素进行筛选,得到适于菊属植物的SCoT标记PCR反应体系,25 μL体系中含有:Mg2+ 1.2 mmol.L-1、dNTPs 0.15 mmol.L-1、引物0.8 μmol.L-1、TaqDNA聚合酶1U、模板DNA 50 ng.优化的最适退火温度为49.4℃.改进电泳方法,采用8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染法染色.运用不同倍性菊属材料基因组DNA对优化的SCoT-PCR反应体系进行验证,获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明确立的菊属植物SCoT分子标记技术体系稳定可靠.利用该体系及筛选出的12个SCoT引物,对18份菊花近缘种属材料的遗传多样性及亲缘关系进行分析,共检测到209个位点,其中多态性位点数189个,多态性比率为90.43％.应用NTSYS-pc2.1软件,计算菊花近缘种属材料之间的相似性系数并采用不加权成对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析,结果18份菊花近缘种属材料的遗传相似性系数范围为0.4516～0.7035,平均遗传相似性系数为0.58.聚类分析显示在相似系数0.530处可以将18份材料分成Ⅰ、Ⅱ两个大组,Ⅱ组包括芙蓉菊和绢毛蒿,其余16份材料属于Ⅰ组.Ⅰ组在相似系数0.615水平又分为6个亚组.结果表明SCoT分子标记体系适用于菊属及其近缘属种遗传多样性及亲缘关系的研究.

关键词：菊属、目标起始密码子多态性(SCoT)、遗传多样性、体系优化

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分类号：S682.1+1(观赏园艺（花卉和观赏树木）)

资助基金：国家自然科学基金项目31272196;‘948’计划项目2003-S13;江苏省科技支撑计划项目BE2011325,BE2012350;江苏省农业科技自主创新资金项目CX 11 1034,CX 12 2020;教育部新世纪优秀人才支持计划项目NCET-10-0492

在线出版日期：2013-12-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：2015-2025