结球甘蓝核基因组密码子使用偏爱性分析

摘要：

根据甘蓝测序结果,利用CodonW软件对结球甘蓝的48000个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算出同义密码子相对使用频率,确定了TCT、CCT、AGA、GTT、GCT、GAT等6个高频密码子.将甘蓝与大肠杆菌、拟南芥、棉花、水稻的密码子使用频率进行了比较,发现甘蓝密码子使用偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥、棉花基本一致,而与大肠杆菌及单子叶植物水稻均具有较大差异.以甘蓝密码子用法分析结果为依据,对Bt cry1C抗虫基因进行了密码子的改造,得到了具有甘蓝密码子使用特点的cry1C基因序列,为甘蓝的转基因研究奠定了分子基础.

关键词：甘蓝、密码子用法、高频密码子、密码子偏爱性

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分类号：S635.1(蔬菜园艺)

资助基金：国家自然科学基金项目31071697;国家‘863’计划项目2008AA10Z105;国家大宗蔬菜产业技术体系项目nycytx-35-gw01;‘十二五’国家科技支撑计划项目2012BAD02B01;农业部园艺作物生物学与种质创制重点实验室项目

在线出版日期：2013-12-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1927-1934