基于转录组数据的桔小实蝇微卫星位点信息分析

摘要：

以桔小实蝇为材料,从其转录组数据库中筛选功能微卫星(EST-SSR)序列,并进行SSR位点的信息分析.共获得1890个EST-SSR位点,可用于引物设计的SSR数为1296个.EST-SSR平均分布频率为1/10.21 kb,但这种分布频率在不同重复类型SSR之间相差很大.其中,三碱基重复SSR在该种昆虫的EST-SSR中出现的频率最高,结合其他文献推断三碱基重复可能是所有昆虫EST-SSR的优势类型.本文共设计了42对桔小实蝇EST-SSR引物,其中有18对引物可以扩增得到预期大小的条带.最后,探讨了基于转录组数据发掘昆虫SSR的前景和挑战,以及进行转录组EST-SSR筛选时应注意的问题.

关键词：微卫星、转录组、高通量测序、分子标记、实蝇

所属期刊栏目：25

分类号：Q968.1(昆虫学)

在线出版日期：2014-07-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1799-1805