基于生物信息学方法的骨肉瘤预后相关甲基化调控差异表达基因筛选

摘要：

目的 基于生物信息学方法筛选骨肉瘤(OS)患者预后相关的甲基化差异表达基因(DEGs),为治疗及研究OS提供方向.方法 通过基因表达综合数据库下载 OS 基因芯片(GSE36001)、OS 甲基化基因芯片(GSE36002),进行差异分析后取并集得到DEGs.对DEGs进行富集分析,使用STRING数据库构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.利用软件Cytoscape 3.6 筛选PPI网络的核心基因,对其进行生存分析.结果 在GSE36001 的差异化分析中识别出 532 个上调DEGs和 281 个下调DEGs,在GSE36002 的甲基化差异化分析中识别出 3 433 个高甲基化DEGs和 2 212 个低甲基化DEGs,分别取交集后得到 128 个下调的OS高甲基化DEGs和44个上调的OS低甲基化DEGs.OS高甲基化DEGs主要参与表皮发育和皮肤细胞分化等生物过程,低甲基化DEGs主要参与细胞分化等生物过程;OS高甲基化DEGs涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路,低甲基化DEGs涉及Ca2+等通路.PPI分析得出 8 个核心基因,生存分析结果显示,ALOX5AP、HCK、LAPTM5、RAC2、LCP2、AIF1、TYROBP和PLEK高表达的OS患者生存率高于低表达患者(P＜0.05).结论 ALOX5AP、HCK、LAPTM5等 8个核心甲基化DEGs可能影响OS患者的预后.

关键词：骨肉瘤、甲基化、生存分析、差异分析

所属期刊栏目：20

分类号：R739.9(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金

在线出版日期：2023-10-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：5-11