胆管细胞型肝癌lncRNA-mRNA共表达网络的高通量基因芯片筛查分析

摘要：

目的 探索胆管细胞型肝癌的长链非编码RNA(lncRNA)-信使RNA(mRNA)共表达网络,并对差异表达的lncRNA进行功能分析.方法 选取2017年1月—6月在新疆医科大学附属肿瘤医院肝胆外科手术切除的5例胆管细胞型肝癌新鲜组织标本.采用高通量芯片技术对5例胆管细胞型肝癌组织进行mRNA和lncRNA差异表达谱分析,构建lncRNA-mRNA共表达网络.选择显著差异的Top1 lncRNA进行mRNA共表达筛查,进行GO分析和Pathway分析.并对Top1 lncRNA及其共表达mRNA在其他30例胆管细胞型肝癌标本中进行验证.结果 在筛选阈值为P≤0.05,log2|差异倍数|≥1(FC)的情况下,获得差异基因共计475个,其中上调mRNA 213个,下调mRNA 262个;获得差异lncRNA共计438个,其中上调lncRNA131个,下调lncRNA307个.筛选获得Top1 lncRNA为氨基甲酰磷酸合成酶Ⅰ-内含子转录本1(CSP1-IT1).GO分析和Pathway分析结果示CSP1-IT1与20个生物过程和2个细胞组成功能相关,涉及8个细胞信号通路.结论 胆管细胞型肝癌中存在的mRNA和lncRNA形成复杂的共表达网络,参与多个重要的生物学过程.

关键词：胆管细胞型肝癌、共表达网络、基因芯片、长链非编码RNA

所属期刊栏目：18

分类号：R735.7(肿瘤学)

资助基金：新疆维吾尔自治区自然科学基金项目2016D01 C374

在线出版日期：2021-03-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：21-25,封4