应用生物信息学方法筛选食管鳞癌的关键基因

摘要：

目的 筛选食管鳞癌的关键基因,为肿瘤的发病机制研究提供新的思路.方法 检索GEO数据库中食管鳞癌基因表达芯片,分析差异表达基因并获得共同差异基因;利用在线数据库DAVID进行GO和KEGG通路富集分析;通过String数据库和Cytoscape软件分析获取链接度最高的10个关键基因,并在TCGA数据库中验证.结果 共筛选出204个差异表达基因.GO分析显示其生物学过程富集在细胞分裂、细胞器断裂和细胞周期等163个条目中;细胞学组分富集在细胞外、细胞质和细胞器腔内等48个条目中;分子功能富集在调控肽酶活性、与细胞外基质结合等46个条目中.KEGG通路富集在局部黏附、p53信号通路、错配修复等12个条目中.筛选出10个链接度最高的Hub基因,且通过TCGA数据库验证其全部在食管鳞癌组织中高表达(P＜0.01).结论 CDK1、CCNA2、RFC4、CCNB1、TOP2A、AURKA、CDC6、BUB1、BUB1B、PLK1是食管鳞癌的关键基因,可能是食管鳞癌的生物标志和治疗靶点.

关键词：食管鳞癌、关键基因、生物信息学、基因芯片

所属期刊栏目：17

分类号：R735.1(肿瘤学)

资助基金：河南省医学科技攻关计划项目192102310097

在线出版日期：2020-06-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：9-13,封3