Actinonin与肽脱甲酰基酶作用模式的分子动力学模拟研究

摘要：

目的：研究actinonin与脱甲酰基酶的相互作用模式,阐述基于actinonin进行特异性人肽脱甲酰基酶(HsPDF)抑制剂设计思路。方法使用分子动力学模拟和MM/GBSA自由能计算等方法来研究各种肽脱甲酰基酶(PDF)与actinonin的相互作用模式,定量描述PDF关键残基与actinonin的结合自由能。结果在与actinonin结合方面,HsPDF作为PDF1A的代表,与PDF1B和PDF2比较,存在3个明显差异：与HsPDF的motif 1相互作用较强,与motif 2较弱,而与PDF1B和PDF2的motif 1相互作用较弱,而与motif 2相互作用较强；与HsPDF的Leu131和Met145相互作用较强,而这些相互作用在 PDF1B和PDF2是不存在的；与HsPDF的Trp207存在很强的结合自由能,而与PDF1B和PDF2在相同位置的残基相互作用较弱。结论利用分子动力学模拟的方法,研究actinonin与PDF的相互作用模式,阐述HsPDF与其他类型PDF在活性位点的差异,为基于actinonin的特异性HsPDF抑制剂的设计提出了思路。

关键词：分子动力学模拟、肽脱甲酰基酶、Actinonin、抗肿瘤、抗菌

所属期刊栏目：13

分类号：R75(皮肤病学与性病学)

资助基金：江苏省青年科学基金项目BK20140225；徐州医学院优秀人才科研启动基金资助项目D2014008。

在线出版日期：2016-05-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：21-26