地塞米松诱导小鼠胚胎腭裂发生中相关差异表达基因的生物信息学分析

摘要：

目的 地塞米松(DEX)是经典的构建动物腭裂模型的药物,但目前尚未有学者对其诱导动物腭裂发生中的基因表达变化进行测序研究,文章试图利用DEX诱导小鼠腭裂发生的模型进行基因测序,以构建完整的差异表达基因库.方法 胚胎第10.5天(E10.5)时随机数字表法将孕鼠分为DEX组与等渗盐水组,DEX组按照6 mg/kg的浓度腹腔注射DEX(DEX预先溶于等渗盐水中,于E10.5-12.5每天同一时间连续注射3 d),等渗盐水组则按照同样剂量和同样时间腹腔注射等渗盐水,于E14.5收集小鼠颌面部中份组织,利用Illumina平台对提取的样本进行测序,筛选出差异表达基因(DEGs)并选择部分基因进行qPCR验证,最后利用生物信息学技术对DEGs进行GO和KEGG分析,推测其参与的生物学功能及信号通路.结果 样本中检测出的DEGs有796条,其中Dio1、Gm867、Grm5、Kcnk12、Otp等上调表达492条,Krt71、Ccer2、Cryba1、Crygf、Gja8等下调表达304条,且qPCR验证结果与测序结果一致.生物信息学分析发现DEGs参与细胞发育、细胞分化、细胞黏附等多个生物学过程,并富集于Wnt、Hedgehog、PI3K-Akt等信号通路.对4条目的基因进行验证,结果显示DEX组LC3表达(2.547±0.092)和Beclin-1基因表达(4.669±0.774)较等渗盐水组(1.015±0.118、1.124±0.356)上调,PCNA表达(1.013±0.120)和Cyclin D1基因表达(1.917±0.443)较等渗盐水组(3.660±0.166、3.660±0.166)下调.结论 DEX诱导小鼠胚胎腭裂相关DEGs富集于多个与细胞生长发育相关的信号通路和生物学功能,表明遗传与环境因素能够影响非综合征型唇腭裂的形成,为后续研究DEX诱导小鼠胚胎腭裂的发生机制提供了宏观的视角和新的靶点因子.

关键词：地塞米松、非综合征型唇腭裂、生物信息学、信号通路

所属期刊栏目：33

分类号：R782(口腔科学)

资助基金：国家自然科学基金;贵州省研究生创新基地项目

在线出版日期：2020-12-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1028-1032