抗氧化基因SOD2来源环状RNA hsa_circ_0004662的特征分析及功能预测

摘要：

目的 研究表明环状RNA在许多生物学过程及疾病中发挥了重要的功能.文中旨在研究由抗氧化基因SOD2转录而来的环状RNA hsa_circ_0004662的基本特征和功能预测.方法 通过PCR扩增和一代测序验证hsa_circ_0004662反向剪接位点,根据核糖核酸酶R(RNase R)处理分为RNase R组和对照组(ddH2O),细胞质细胞核RNA分离和定量PCR及蛋白翻译的潜能分析研究hsa_circ_0004662的基本特征.利用生物信息学方法预测hsa_circ_0004662上微小RNA(microR-NA,miRNA)的结合位点、AGO2结合位点以及miRNA的靶基因,并构建circRNA-miRNA-mRNA网络,随后对miRNA的靶基因进行功能富集分析以及信号通路富集分析.结果 序列分析显示,hsa_circ_0004662箭头左端为SOD2基因4号外显子末端序列,右侧为2号外显子的起始序列.环状RNA CDR1as、hsa_circ_0004662在细胞质中的表达量显著高于细胞核.RNase R组的环状RNA hsa_circ_0004662、CDR1as的表达与对照组比较差异无统计学意义(P>0.05),而GAPDH基因的线性mRNA的表达则明显降低(P<0.05).hsa_circ_0004662开放阅读框编码的多肽含149个氨基酸,起始密码子始于第456位核苷酸,终止密码子位于第443位核苷酸.hsa_circ_0004662含10个AGO2结合位点.GO分析结果显示,hsa-miR-224和hsa-miR-532的靶基因分别在12个生物学过程条目和13个分子功能条目中显著富集;其中最显著富集的生物学过程条目包括神经冲动传递、行为、蛋白氨基酸磷酸化;最显著的分子功能条目包括蛋白激酶活性、转录因子结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性.KEGG通路分析结果显示,该靶基因合集在Wnt信号通路和泛素介导的蛋白降解信号通路显著富集.结论 抗氧化基因SOD2的新型环状RNA hsa_circ_0004662的反向剪切位点、RNA酶的抵抗性和主要分布在细胞质等基本特征,从蛋白翻译角度和circRNA-miRNA-mRNA角度为hsa_circ_0004662的功能研究提供了新的方向.

关键词：SOD2、环状RNA、RNase R抵抗、蛋白翻译潜能、miRNA、功能预测

所属期刊栏目：33

分类号：Q343(遗传学分支学科)

资助基金：国家自然科学基金31500142,81673206

在线出版日期：2020-12-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1014-1020