肝细胞癌细胞中差异表达环状RNA与microRNA-1相关的生物信息学分析

摘要：

目的 环状RNA(circRNAs)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,但其与肝细胞癌的关系有待进一步探究.文中采用生物信息学方法对microRNA-1的靶基因进行分析,筛选与靶基因相关且在肝细胞癌细胞中差异表达的circRNAs.方法 利用microRNA 相关数据库预测microRNA-1 的靶基因,并对其进行GO 分析和富集分析.通过circRNAs 数据库筛选与microRNA-1 下游靶基因相关的circRNAs.结果 MicroRNA 相关数据库预测microRNA-1 的靶基因230 个.通过GO 分析发现microRNA-1 的靶基因在调控方面有很强的倾向性,其预测结果显示microRNA-1 的靶基因主要富集在生物学功能?参与的生物过程以及细胞定位这3 个方面.microRNA-1 的靶基因参与了蛋白质的功能?生物合成过程的调控?辅助因子结合及酶调节等生物过程中.miRNA-1 预测靶基因显著富集于癌症信号通路?乙型肝炎的发生?内吞作用及拼接体等信号通路中.3个circRNA 数据库中发现与microRNA-1 的靶基因相关的circRNAs 21 个,其中has_circ_0004651 在肝细胞癌细胞HepG2 中显著低表达,其亲本基因为hnRNPD.结论 MicroRNA-1 可通过蛋白?酶的调节来影响肝细胞癌的发生发展.Hsa_circ_0004651 可能与microRNA-1 及其亲本基因hnRNPD 共同参与肝细胞癌的发生发展.

关键词：microRNA-1、环状RNA、靶基因、生物信息学、肝细胞癌

所属期刊栏目：33

分类号：R735.7(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金81702278;2018年浙江树人大学科研项目2018A11003

在线出版日期：2020-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：246-250