基于生物信息学分析胰岛素分泌细胞诱导过程中miRNA-mRNA调控网络

摘要：

目的 探讨人胚胎干细胞(hESCs)向胰岛素分泌细胞(IPCs)诱导分化过程中基因表达的差异,并构建miRNA-mRNA调控网络.方法 从GEO数据库的GSE42094数据集筛选差异表达基因,对其进行GO功能和KEGG路径显著性分析.选用miRTarBase数据库预测其靶miRNA,应用cytoscape 9.1.0软件构建miRNA-mRNA调控网络并可视化,采用文献数据验证预测的miRNA.结果 本研究共筛选得到差异表达的基因188个,分别选取诱导后上调和下调的各前10个进行分析,发现上调基因蛋白互作网络通过VTN与下调基因网络的POU5F1直接作用,将两个网络相关联.miRNA-mRNA调控网络发现miR-335-5p能够调控VTN、NANOG、POU5F1和DNMT3B 4个基因的表达,进一步验证发现miR-335-5p表达量随着诱导分化进程逐渐升高,与NANOG、POU5F1和DNMT3B表达量逐渐降低形成对照,提示二者之间存在靶向关系且为负性调控.结论 miRNA-mRNA调控网络显示miR-335-5p靶向多个基因参与hESCs向IPCs诱导分化过程.

关键词：微小RNA、胚胎干细胞、胰岛素分泌细胞、生物信息学

所属期刊栏目：36

分类号：R342.2(人体生物化学、分子生物学)

资助基金：辽宁省教育厅科学研究经费面上项目;辽宁省大学生创新训练项目

在线出版日期：2023-04-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：8-13