食管癌预后相关lncRNA的特征构建

摘要：

目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,探索食管癌预后相关lncRNA,构建患者预后预测特征,为食管癌患者的潜在治疗靶点提供新的证据支持.方法 获取TCGA数据库中食管癌患者表达谱及临床信息.使用R语言鉴定癌组织与正常组织之间差异表达的mRNAs(DEGs)和差异表达的lncRNAs(DELs).基于Cox回归和LASSO回归分析构建预后预测特征,通过K-M生存分析评估预后模型中高风险和低风险人群体的生存差异.另外,通过Pearson相关分析来识别与预后模型中lncRNAs具有共表达关系的mRNAs,对lncRNA的功能进行分析.结果 基于TCGA数据库,共获得169个样本,鉴定出592个DELs和1219个DEGs.基于LASSO回归分析,构建了包含13个lncRNA的稳健预测特征.根据风险评分将患者分为高低风险组,K-M生存曲线结果显示,高危组的总生存时间(OS)短于低危组(P=3e-10),该风险特征对1、3和5年生存率预测的AUC分别为0.762、0.773和0.925,显示出极好的可预测性.AC002331.1、LINC01068和RP11-2N1.2的高表达与患者的不良预后密切相关.结论 本研究中构建的lncRNA特征可较好的预测食管癌患者的总生存时间,可能是食管癌患者的潜在治疗靶点.

关键词：TCGA数据库、食管癌、lncRNA、预测特征、生物标志物

所属期刊栏目：36

分类号：R735.1(肿瘤学)

在线出版日期：2023-04-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1-7