加权共表达网络分析在肝癌环状RNA研究中的应用

摘要：

目的 应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)研究肝癌组织中环状RNA,以期寻找合适的生物标志物作为肝癌临床诊断指标.方法 从GEO数据库下载肝癌数据,通过WGCNA方法深入挖掘分析得到与肝癌发展密切相关的环状RNA,并结合环状RNA-miRNA-mRNA互作数据库筛选靶向miRNA和基因,利用Kaplan-Meier plotter数据库库筛选出来circRNA靶向的microRNA进行生存分析验证,通过DAVID软件对靶向基因进行功能富集分析.结果 共检测到3032个circRNA分子;应用WGCNA方法共得到7个模块,其中Turquoise模块与肝癌组织呈正相关(P<0.05);Turquoise模块中circRNA表达量在肝癌组织中均表达上调,且经过在线数据库比对筛选得到2个环状RNA分子(hsa_circ_0064324和hsa_circ_0040827),Pathway富集分析显示,这些靶向基因富集在鞘磷脂信号通路、癌症蛋白聚糖、血小板活化通路、胰腺癌通路、神经胶质细胞瘤、FoxO信号通路、癌症中胆碱代谢通路等多个和癌症相关的通路上.肝癌细胞系中hsa_circ_0064324和hsa_circ_0040827均表达上调,且Kaplan-Meier生存分析发现,hsa-miR-146b-3p、hsa-miR-331-3p、hsa-miR-874-3p和hsa-miR-942-3p高表达与肝癌总体生存期呈负相关(P<0.05).结论 WGCNA方法筛选得到的环状RNA可能作为肝癌临床诊断生物标志物,有助于揭示肝癌发病机制,为研发药物和治疗诊断提供新依据.

关键词：环状RNA、WGCNA、肝癌

所属期刊栏目：36

分类号：R735.7(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金82071527

在线出版日期：2023-04-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1-6