长链非编码RNA CASC9的靶基因预测及信号通路富集分析

摘要：

目的 运用生物信息学分析方法分析长链非编码RNA(CASC9)在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述CASC9在细胞内的功能.方法 在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与CASC9有miRNA-IncRNA互作关系的miRNA,将结果取交集;在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因,并进行GO功能注释和Pathway通路富集.结果 miRDB数据库预测到50个miRNA与CASC9相作用,Starbase数据库预测到23个miRNA与之相作用,取交集共得当16个miRNA;GO功能注释显示16个miRNA的靶基因主要分布在细胞内金属离子功能,如镁离子等;生物学过程主要分布在蛋白质的磷酸化和信号通路方面;信号通路富集结果主要分布在泛素介导的蛋白质降解通路、Autophage相关信号通路、MAPK信号通路、RAS信号通路以及细胞内的肿瘤信号通路等.结论 长链非编码RNA CASC9在细胞内的调控作用与镁离子结合、蛋白质磷酸化调控、蛋白质泛素化降解、自噬以及多种肿瘤发生信号通路密切相关,其可通过上述作用通路调控疾病的病理进展.

关键词：CASC9、长链非编码RNA、信号通路、肿瘤

所属期刊栏目：35

分类号：Q74(生物小分子的结构和功能)

资助基金：南充市科技局项目;南充市科技局项目;南充市科技局项目

在线出版日期：2022-10-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：7-12