细茎石斛叶绿体全基因组序列特征及系统发育分析

摘要：

细茎石斛是药用石斛的重要来源,也是正品枫斗的主要来源之一.本研究利用Illumina高通量测序技术对细茎石斛叶绿体全基因组进行测序,完成了其物理图谱绘制和基因组结构特征解析,并与近缘物种进行了比较和系统发育分析.细茎石斛叶绿体基因组全长为150 754 bp,两个反向互补重复区(IRs)长25 906 bp,大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)长度分别为84 818 bp和14 124 bp.共注释到123个基因,包括77个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因,其中17个基因含有内含子.生物信息学分析获得53个SSR位点,大多数位点具有A-T碱基偏好性.采用33条石斛属植物的叶绿体基因组序列构建系统发育树,结果显示细茎石斛复合种中的物种聚在同一个大支,说明其亲缘关系较近.本研究为细茎石斛的鉴定、细茎石斛复合种系统发育关系及其本草基因组学研究提供理论基础.

关键词：细茎石斛、叶绿体基因组、细茎石斛复合种、系统发育、本草基因组学

所属期刊栏目：55

分类号：R931(生药学（天然药物学）)

资助基金：重大新药创制"科技重大专项;创新工程项目

在线出版日期：2020-06-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：1056-1066