基于巴戟天转录组数据的R2R3-MYB转录因子的鉴定和分析

摘要：

为了挖掘参与巴戟天生长发育及次生代谢产物合成的MYB转录因子,本研究基于巴戟天根茎叶的转录组数据,筛选并鉴定巴戟天的R2R3-MYB转录因子,为以后通过遗传改良的手段调控巴戟天的代谢机制提供理论基础.根据巴戟天根茎叶的转录组数据,利用PFAM和plantTFDB等5个数据库,对预测的巴戟天R2R3-MYB转录因子进行鉴定,GO功能注释和分类、保守结构域分析、进化树比对分析和组织特异性表达差异分析.基于巴戟天的转录组数据共鉴定109个MYB转录因子,其中R2R3-MYB的数量为51个.亚细胞定位结果显示多数序列定位于细胞核,少部分位于细胞外基质.与分子功能、生物过程和细胞组分相关的GO terms的数量分别为112、76和239个.51个巴戟天R2R3-MYB转录因子中的R2-MYB和R3-MYB的保守基序分别为:-W-(X19)-W-(X19)-W-,-F-(X18)-W-(X18)-W-.通过与拟南芥R2R3-MYB转录因子的序列比对分析可知,除了S10、S19和S21亚家族没有分布,其他亚家族中都存在同源序列.RT-qPCR的结果验证了部分R2R3-MYB基因在3个组织差异性表达.获得的51个R2R3-MYB转录因子为进一步研究巴戟天MYB转录因子家族提供了一定的理论基础.

关键词：巴戟天、MYB、转录组、功能注释、苯丙烷代谢

所属期刊栏目：55

分类号：R931(生药学（天然药物学）)

资助基金：福建省科技重大专项;福建省科技创新平台项目

在线出版日期：2020-04-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：160-167