药食两用藠头叶绿体基因组解析、比较基因组学及系统发育研究

摘要：

藠头(Allium chinense)为百合科葱属常用药食两用植物.为探究部分葱属植物系统发育关系不明确及该属物种鉴别通用DNA条形码匮乏的问题,本研究应用高通量测序技术对藠头叶绿体全基因组进行测序、组装、注释及系统进化研究.结果显示藠头叶绿体基因组为152 525 bp,呈典型的四分状结构,共编码116个基因,其中蛋白质编码基因81个,转运RNA (transfer RNA)基因31个和核糖体RNA (ribosome RNA)基因4个.对6个葱属植物叶绿体基因组比较分析发现了7个变异较大的区间,包括基因编码区ndhA和ycf1,以及非编码区rps16-trnQ、trnT-trnF、ndhF-rpl32、rpl32-trnL和rpl16-rps3.利用葱属和非葱属53个物种的58个共有蛋白序列构建了进化树,发现除百合属、重楼属外其余各属物种所在分枝的支持率都达到66％～100％,有效地解决该类植物的系统进化与分类问题.此外,利用EcoPrimer软件成功发现了7个可用于葱属物种鉴定的候选DNA条形码序列并设计了引物.本研究首次获得了藠头叶绿体基因组序列,明确葱属物种间的亲缘关系,发现了一系列葱属物种特异的DNA条形码序列,为深入研究葱属植物的系统进化、分类及物种鉴定提供科学依据.

关键词：藠头、叶绿体基因组、分子标记、系统发育、DNA条形码

所属期刊栏目：54

分类号：R931(生药学（天然药物学）)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;创新工程项目

在线出版日期：2019-03-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：173-181