基于454FLX高通量技术的厚朴叶绿体全基因组测序及应用研究

摘要：

叶绿体基因组序列在中药DNA条形码鉴定及基因工程生物制药方面具有广泛的应用前景.本文应用454高通量测序技术对厚朴进行了叶绿体全基因组测序,建立了标准测序流程.生物信息学分析共获得有效序列重叠群(contig) 14个,测序覆盖度达到99.99％.厚朴叶绿体基因组大小为160 183bp,大(LSC)、小(SSC)单拷贝区大小分别为88210bp和18 843 bp,反向互补重复区(IR)大小为26 565bp,共注释叶绿体基因126个,其中每个IR区17个.厚朴与木兰亚纲其他物种的叶绿体编码基因在种类、排列顺序及结构大小上基本一致.采用叶绿体81个蛋白编码基因对厚朴及同属5个种9个样本进行了分子鉴定,鉴定效率100％,并且可以成功区分不同产地的凹叶厚朴.以上结果表明,本研究建立的标准测序流程适用于叶绿体基因组测序,叶绿体基因组序列可有效区分厚朴及近缘物种.

关键词：厚朴、DNA提取、基因组比较、注释、焦磷酸测序

所属期刊栏目：47

分类号：R931(生药学（天然药物学）)

资助基金：国家自然科学基金30970307

在线出版日期：2012-04-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：124-130