近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10的转录组差异研究

摘要：

目的:对近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10进行转录组测序,对比其转录组差异,发现免疫反应相关差异基因,为药物体内活性评价动物选择提供参考.方法:采用Illumina Hiseq 2000测序平台进行测序,通过短序列分析获取转录本,通过基因功能分类(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库进行测序结果分析.结果:获得38 553 614个C57BL/6小鼠的原始序列和37 721 318个C57BL/10小鼠的原始序列.获得118 002个转录本,注释了46 193个差异基因.38 106个转录本注释到2 196个GO分类中,GO分类主要分为3类:细胞成分,分子功能和生物过程.1 600个转录本注释到254个KEGG通路中.另外,发现了4 651个单核苷酸(SNP)位点.结论:通过二代测序方法发现近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10转录组存在显著差异基因.在KEGG通路分析中筛选了一系列与小鼠免疫应答相关的差异基因,为建立小鼠免疫评价模型积累了数据,对药物实验动物体内活性检测分析具有参考意义,为生物制品评价用实验动物的标准化提供技术支撑.

关键词：药物实验动物、转录组学分析、小鼠免疫应答基因、转录本、基因功能分类、药物体内活性检测

所属期刊栏目：36

分类号：R917(药物基础科学)

资助基金：国家科技支撑计划2013BAK11B03

在线出版日期：2016-04-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：411-417