基于RNA-seq技术的雏鸡晚期离焦识别转录组学研究

摘要：

目的：:探讨晚期离焦识别的分子机制。方法：:实验研究。将30只7 d龄白来航鸡随机分为负镜组、正镜组和对照组，分别给予雏鸡右眼-10 D/+10 D/0 D透镜诱导，干预时间为6 d。所有动物均在光学干预前后测量屈光度、眼轴和后极部各组织厚度等生物学参数。采用单因素方差分析对数据进行分析。眼球生物学参数测量完毕后分离眼后极部组织，提取RNA，应用RNA-seq技术筛选差异表达基因，并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及PPI网络分析，观察离焦干预对雏鸡后极部各组织转录组的影响。结果：:负镜组、正镜组雏鸡的屈光度、眼轴长度以及脉络膜厚度，与对照组相比，差异具有统计学意义（
P<0.05）；以
P<0.05和|log2FC|>1为筛选标准，负镜组与对照组相比，视网膜有203个差异表达基因，脉络膜有757个差异表达基因，巩膜有1 509个差异表达基因；正镜组与对照组相比，视网膜有191个差异表达基因，脉络膜有378个差异表达基因，巩膜有1 918个差异表达基因。与对照组比，负镜组与正镜组的重叠基因除
LOC121112941外均表现出相同的差异表达趋势，GO分析通路存在50%以上重合，KEGG分析视网膜水平的重叠通路是花生四烯酸代谢、酪氨酸代谢和视黄醇代谢；脉络膜水平的重叠通路是内质网中的蛋白质加工，精氨酸和脯氨酸代谢和视黄醇代谢；巩膜水平的重叠通路则为细胞粘附分子、ECM-受体相互作用、粘着斑、细胞因子-细胞因子受体相互作用、硫代谢、糖胺聚糖生物合成-硫酸软骨素/硫酸皮肤素、Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路和MAPK信号通路。通过PPI蛋白互作网络分析鉴定出离焦识别过程中各组织的关键基因。
结论：:本研究在转录组水平上筛选出晚期离焦识别过程的绝大多数重叠基因保持着相同的上调或下调表达趋势，不同方向的离焦信号可能诱导部分通路的相似变化。

关键词：正视化、屈光不正、视网膜、脉络膜、巩膜、RNA-seq

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资助基金：国家自然科学基金82171092，81870684;国家重点研发计划2020YFC2008200，2021YFC2702100;National Natural Science Foundation of China82171092, 81870684;National Key R&D Program of China2020YFC2008200, 2021YFC2702100

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：494-505