不同海拔喜马拉雅旱獭线粒体基因组比较分析

摘要：

以分布在不同海拔(2279、3273、4452 m)的喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)为供试材料,通过二代测序技术对线粒体基因组序列进行比较分析,挖掘喜马拉雅旱獭低氧适应相关基因.结果表明:不同海拔喜马拉雅旱獭线粒体序列长度之间并无差异,但蛋白质编码基因突变位点个数随海拔增加而增多,ND5基因的突变位点个数和非同义突变位点个数都为最多,其Ka/Ks>1,表明ND5基因存在正选择效应,可作为适应高海拔低氧环境的候选基因.与玉树(海拔4452 m)相比,乐都(海拔2279 m)和黄南(海拔3273 m)的喜马拉雅旱獭亲缘关系相对较近.喜马拉雅旱獭13个蛋白质编码基因的核苷酸序列共编码氨基酸3812个,去掉起始密码子和终止密码子后共编码氨基酸3802个.在20种氨基酸中,Leu的使用率最高,达16.18％,Gys的使用率最低,仅有0.71％.RSCU值>1的密码子有32种,RSCU值<1的密码子有32种,其中AGG的RSCU为0.

关键词：喜马拉雅旱獭、线粒体基因组、ND5、Ka/Ks

所属期刊栏目：43

分类号：Q953(动物学)

资助基金：国家自然科学基金;青海省自然科学基金

在线出版日期：2022-06-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：345-353