基于GEO数据库基因表达数据探索影响卵巢癌患者预后及临床分期的基因

摘要：

目的 利用基因表达综合征(gene expressed omnibus,GEO)公共数据库筛选与卵巢癌分期相关的基因,并分析其临床意义.方法 从GEO数据库的数据集GSE9891中筛选与临床分期相关差异基因,通过DAVID数据库对差异基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析.并且通过肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)对差异基因进行验证.结果 分析数据集GSE9891得到23个与临床分期相关差异基因;GO富集分析发现有效靶基因参与胶原组织和细胞外基质合成;KEGG通路富集分析发现主要通过类固醇合成信号通路影响卵巢癌进展过程.临床分期相关差异基因在TCGA数据库中验证得到LUM、COL11A1、IGF1、TIMP3、COL10A1、FAP、COL8A1、EPYC、SFRP2、FABP4与临床分期相关(P<0.05,|log2FC|>1.5),其中COL8A1、COL11A1、COL10A1、FABP4和SFRP2等五个基因与卵巢癌的预后相关(P<0.05).结论 COL8A1、COL11A1、COL10A1、FABP4和SFRP2可能是影响卵巢癌进展的生物标志物.

关键词：卵巢癌、临床分期、基因本体论、通路富集分析、预后

所属期刊栏目：50

分类号：R715.5(妇产科学)

资助基金：滨州医学院科技计划项目BY2017KJ02

在线出版日期：2022-04-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：176-180