甲状腺乳头状癌预后不良相关基因的生物信息学分析

摘要：

目的 通过甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)生物信息学分析,获取与PTC预后显著相关的基因,为PTC的发病机制提供理论依据.方法 从NCBI的GEO Databases数据库检索PTC的芯片数据GSE3678、GSE33630和GSE82208,三组基因芯片共包含94例PTC及77例癌旁组织基因表达谱.使用GEO2R工具分析PTC与癌旁组织差异表达的基因;将共表达的基因导入可视化数据库(the database for annotation,visualization and integrat-ed discovery,DAVID)进行基因富集分析(gene ontology,GO)和信号通路分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG);使用STRING和Cytoscape进行蛋白质互作网络分析(protein-protein interaction,PPI);使用GEPIA分析核心基因的生存信息.随后培养PTC细胞株,收集52例临床组织样本,分别验证FN1在PTC组织样本和细胞中的表达情况.结果 GSE3678、GSE33630和GSE82208共有152个共表达基因,其中24个上调表达,128个下调表达.这152个异常表达基因(different expression genes,DEGs)在PTC细胞组分、分子功能、生物学行为上主要集中于影响细胞正常分化及富集于甲状腺激素合成信号通路等.PPI显示,基因AGTR1、AVPR1A、EGR2、FGFR2、FN1、FOSB、GNA14、JUN、EDN、IRS1、SPP1相互之间紧密相关.进一步的生存分析显示,AGTR1、AVPR1A、EGR2、FGFR2、FN1、FOSB、GNA14、JUN与无病生存时间相关,但总体生存时间无差异.FN1在31例(59.61％)PTC组织中呈上调表达,平均表达倍数变化为(3.75±5.90)倍.与Nthy-ori 3-1细胞相比,BCPAP和TPC-1中FN1的表达水平分别提高了(4.75±1.12)倍、(11.89±3.53)倍(P<0.01).结论 AGTR1、AVPR1A、EGR2、FGFR2、FN1、FOSB、GNA14、JUN在PTC中异常表达且预示着较差的临床预后;FN1基因在PTC组织和细胞株中表达增高.

关键词：甲状腺乳头状癌、生物信息学、异常表达基因、FN1、临床预后

所属期刊栏目：48

分类号：R736.1(肿瘤学)

资助基金：福建省教育厅中青年教师教育科研项目 JAT190558

在线出版日期：2020-08-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：492-500