猪JARID1C基因的cDNA克隆、生物信息学及组织表达谱分析
JARID1C是高度保守的ARID蛋白家族的成员,该家族的蛋白参与并引起一系列生物学效应,如染色质重塑、细胞增殖与分裂、个体发育以及基因转录调控.JARID1C在人脑中表达丰富,对脑的发育和维持正常功能具有重要作用,突变可引起智力迟钝.本研究采用电子克隆(in silico cloning)的方法并结合5'末端快速扩增技术(RACE),从猪卵巢中克隆到JARID1C的全长cDNA序列(GenBank登录号:EF139241).猪JARID1C基因的cDNA全长5,908bp,包括4,551 bp的开放阅读框(ORF)、522bp的5'非翻译区(5'UTR)和835 bp的3'非翻译区(3'UTR),polyA加尾信号序列AATAAA位于5,881 bp和5,886bp之间.生物信息学分析揭示JARID1C蛋白含有1517个氨基酸残基,定位于细胞核中,该蛋白含有5个保守的结构域:JmjN结构域、ARID结构域、JmjC结构域、C5HC2锌指结构域和PHD锌指结构域.应用ClusterW程序分别对猪、狗、小鼠、大鼠、人和猿的JARID1C核苷酸序列和氨基酸序列进行多重序列比对,发现猪的JARID1C与其他哺乳动物具有很高的相似性.借助Mega 3.1软件,采用N-J算法构建JARID1亚家族蛋白的系统进化树,揭示不同物种的进化关系.应用实时荧光定量PCR技术分析该基因在不同组织的表达差异,结果表明该基因在各组织均不同程度地表达,其中在肺和骨骼肌表达水平最低,而在脑和性腺表达水平最高.
猪、JARID1C基因、cDNA克隆、生物信息学分析、基因表达
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S8(畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂)
国家高技术研究发展计划863计划2006AA10Z136
2008-03-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
1088-1096
