用一个相对简单的方法来探测核苷酸替代模型的异质性

摘要：

对于可观察到的分子序列进化模型的不同,提出一个相对简单的方法--卡方检测,来检测在DNA序列间替代过程的同质性.这个卡方检测方法不管在座位间下列3个条件是否满足皆是成立的:(1)替代率的异质性;(2)进化率/模型的相关性;(3)替代模型的变异.计算机模拟也显示出卡方检测在各种生物学条件下的序列进化模型是非常有效的.在真实数据中,11种节肢动物线粒体DNA的比较中发现,水蚤或卤虫与其他9种节肢动物以高百分比违背了同质性进化模型假设,显然是由于AT含量高而引起的,且在两种蚊子的线粒体DNA比较中发现,其满足同质性假设仅有7.69%.还比较了卡方检测与Kumar and Gadagkar的Ip检测之间的效能差异:在较为复杂的模型下,卡方检测效率在许多情况下较Ip检测方法略高;并且在犯Ⅰ-型错误以及卡方测验的效率曲线中清楚地表明我们的方法是保守的,而Kumar等的方法是不保守的.

关键词：同质性、替代模型、卡方检测、效能

所属期刊栏目：32

分类号：Q71;TP392(生物大分子的结构和功能)

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划2001 AA222031;国家自然科学基金300250

在线出版日期：2005-12-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1027-1036