SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测
通过对有关SARS-CoV文献的调研,指出了有关基因预测和功能研究的不足.为制备有效的药物和疫苗,对SARS-CoV(BJ01)重新进行了基因预测和功能推测.比较12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣,选用Heuristic models、Gene Identification、ZCURVECoV和ORF FINDER 4种较好的方法来预测基因,然后运用ATGpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则,同时搜索转录调控序列,以提高基因预测的准确性.共预测出34个ORF,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的13个,得到21个大于50个氨基酸的可能新基因.对于预测出的蛋白质,运用ProtParam分析它们的物理化学特征,用SignalP分析蛋白是否有信号肽,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体,以提高基因功能推测的可靠性.根据4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别,将21个可能的新基因按出现可能性分为4类.同时对结果进行了讨论.
SARS-CoV、基因预测、基因功能
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Q939.47(微生物学)
北京市科委科研项目03F014-2
2003-09-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共8页
773-780
