猪耳成纤维细胞转录组异质性及对核移植胚胎发育的潜在影响

摘要：

同一来源的供体细胞之间存在异质性.许多研究已经表明体细胞核移植(somatic cell nuclear transfer,SCNT)效率与供体细胞有关.然而,鲜有在单细胞水平分析供体细胞异质性对核移植效率的潜在影响.本研究利用单细胞转录组测序技术对同一来源且随机挑选的52个猪耳组织成纤维细胞进行测序分析.结果表明有48个单细胞的基因表达模式相似,4个单细胞(编号为D11_1、D12_1、DW61_2和DW99_2)的基因表达模式与其他单细胞存在较大的差异,并且不存在基因表达模式完全相同的两个单细胞.以基因表达模式相似的48个单细胞作为对照,进一步分析了单细胞D11_1、D12_1、DW61_2和DW99_2的差异基因表达模式:首先利用R语言筛选4个单细胞的差异表达基因,并对前50差异表达基因进行汇总;然后对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路分析.富集分析发现差异表达基因的主要分子功能包括能量代谢、蛋白质代谢和细胞对刺激的反应等;主要通路包括KEGG中富集的与细胞周期、细胞代谢、DNA复制相关的通路.根据以上研究结果并结合SCNT研究进展讨论了4个单细胞的差异基因表达模式对核移植胚胎发育效率的潜在影响.本研究揭示了猪耳组织成纤维细胞的转录组异质性,并提供了分析精英供体细胞的一种有效方法,为提高克隆效率带来新的思路.

关键词：猪、体细胞核移植、供体细胞、异质性、单细胞测序

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资助基金：广东省乡村振兴战略专项2018 年资助

在线出版日期：2020-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共18页

页码：898-915