利用高密度SNP标记分析中国荷斯坦牛基因组近交

摘要：

畜禽育种中传统上利用系谱信息评估群体近交程度.近年来随着高通量单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)检测成本降低,使利用基因组信息分析真实的基因组近交程度成为可能.本研究利用牛54KSNP芯片数据统计了北京地区2107头荷斯坦牛基因组上的长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)的频率和分布,计算了2种基因组近交系数,即染色体上ROH的长度占基因组总长度的比例(Froh)及个体所有标记基因型中纯合子所占比例,即基因组纯合度(Fhom),进而分析了两种基因组近交系数之间的相关性以及基因组近交与系谱近交系数之间的相关性.结果表明,共检测到44 676个ROH片段,其长度主要分布在1～10 Mb之间.不同长度的ROH散布于个体基因组内,短ROH较长ROH更为常见.ROH在染色体上并非均匀分布,ROH频率最高的区域为10号染色体中部.两种基因组近交系数之间相关性很高(91％以上),但基因组近交与系谱近交之间的相关性较低(低于50％).系谱完整性是影响基因组近交与系谱近交结果一致的重要因素,基因组近交系数能够反映个体真实的近交,本研究为评估群体近交水平提供了有力工具.

关键词：近交系数、基因组纯合度、系谱、ROH、中国荷斯坦牛

所属期刊栏目：39

分类号：S82;S51

资助基金：现代农业奶牛产业技术体系建设专项资金项目CARS-37;北京市奶牛产业创新团队项目BAIC06-2016;教育部“分子育种技术”创新团队基金项目IRT1191;国家科技支撑计划项目编号:2011BAD28B02资助[Supported by Modern Agriculture Industrial Technology System Construction Special FundsCARS-37;Beijing Innovation Team of Technology System in Dairy IndustryBAIC06-2016;the Ministry of Education Innovation Team Funds for "Molecular Breeding Technology"IRT1191;the National Science and Technology Support Plan No.2011BAD28B02]

在线出版日期：2017-03-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：41-47