基于“天河二号”的水产病原生物信息分析平台构建及其在水产病原分析中的应用

摘要：

作为生命科学的关键组成,生物信息学已被广泛地应用于基因组学、转录组学和蛋白质组学中.然而,生物信息分析平台的构建需要高性能计算机而非普通的个人电脑,从而极大地限制了生物信息学在水产科学中的应用.本研究基于“天河二号”超级计算机,构建了水产病原生物信息分析平台.该平台由基因组与转录组测序数据分析、蛋白质结构预测和分子动力学模拟3个功能模块组成.为了验证该平台的实用性,以水生动物病原微生物为例进行了生物信息学分析.通过Blast检索、GO和InterPro注释,鉴定了约氏黄杆菌(Flavobacterium johnsoniae)M168株的功能基因并对其进行了注释.通过同源模建,构建了草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)HZ-08的5个小节段的蛋白结构模型.对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)外膜蛋白A进行了分子动力学模拟,并观察了平衡过程中系统温度、总能量、均方根偏差和环区构象的变化.以上结果均显示本研究成功建立了在“天河二号”超级计算机上运行的水产病原生物信息分析平台.此项研究将为其他学科生物信息分析平台的构建提供思路和线索.

关键词：生物信息学、天河二号、水产病原

所属期刊栏目：37

分类号：S9 ;TP3

资助基金：广州市珠江科技新星专项2012J2200078;中国水产科学研究院院级中央级公益性科研院所基本科研业务费2013A0609

在线出版日期：2015-09-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：702-710