水稻扩展蛋白家族的生物信息学分析

摘要：

扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,具有松驰细胞壁和增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等方面起到重要的作用.水稻的全基因组序列统计分析显示,水稻扩展蛋白基因家族包含58个成员,分属于A(34)、B(19)、LA(4)和LB(1)4个亚家族,分布在水稻10条染色体上的58个位点,且同一亚家族成员有成簇存在的现象.扩展蛋白基因长度范围为687～1128 bp,编码蛋白质具有保守的结构域,以及保守的半胱氨酸和色氨酸残基.多数情况下,亚家族成员之间的氨基酸一致率小于35％,而同一亚家族成员之间的氨基酸一致率大于35％.在内含子、外显子组成模式上,水稻扩展蛋白呈现明显的亚家族特异性,除个别基因以外,A类基因含有1或2个内含子,B类含有3个内含子,LA和LB类含有4个内含子.密码子使用统计显示,与其他物种相比,水稻中的扩展蛋白具有更多的密码子使用偏好性,有26个高频密码子存在.研究结果展示了水稻扩展蛋白基因家族的基本信息,为深入研究扩展蛋白基因的功能、探讨物种间的进化关系奠定基础.

关键词：水稻、扩展蛋白、细胞壁、基因家族、生物信息学

所属期刊栏目：36

分类号：S60;R73

资助基金：国家自然科学基金项目31128016

在线出版日期：2014-10-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：809-820