高丹草EST-SSR 标记的开发及其遗传多样性

摘要：

对NCBI 数据库中210 878 条高粱EST 序列进行处理,得到57 498 条无冗余EST 序列,经SSR 搜索,发现3 338 个SSR 分布于3 116 条EST 序列中,分布频率为1/11.28 kb,包括215 种基元重复类型.其中三核苷酸重复最高,占68.33%,二核苷酸重复占17.97%.3 338 条SSR 序列中有1 694 条序列能够设计出引物,所占比例为50.75%.选取14 对引物进行合成,对50 份高丹草、7 份高粱和3 份苏丹草材料进行了EST-SSR 扩增,共检测到72 个等位变异,平均每对引物检测出5.14 个基因位点.每对引物多态性指数范围为0.54~0.93,遗传距离的变化范围0.1646~0.6398.结果显示:供试材料具有较丰富的遗传多样性,根据EST-SSR 数据的聚类分析,将供试材料按亲缘关系远近分为5 大类,来源相同的品种大致聚在一类,呈现出一定的地域性分布规律.同时发现4 个特异分子标记,其中引物D1763 只对314A 和白壳苏丹草杂交后代GB-4-2 高丹草审定品种产生特异性,此标记已作为该材料的特异性标记用于种质资源的鉴定中,同时表明,EST-SSR 标记是高丹草遗传多样性及特异性研究的一种有效方法.

关键词：高丹草、EST-SSR、标记开发、遗传多样性、特异性

所属期刊栏目：35

分类号：S81;X17

资助基金：国家自然科学基金项目31160302

在线出版日期：2013-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：225-232