真核生物转座子鉴定和分类计算方法

摘要：

重复序列是真核生物基因组的重要组成成分,根据其序列特征及在基因组中的存在形式,可以进一步分为串联重复、片段重复和散在重复.其中,散在重复大多起源于转座子.根据转座介质的不同,转座子又可分为DNA和逆转录转座子.转座子的转座和扩增对基因的进化和基因组的稳定具有显著的影响;同时与其他类型的重复序列相比,转座子的结构和分类更为复杂多样,使得对转座子的鉴定和分类更为复杂和困难.鉴于此,文章简要概括了转座子的功能及分类,总结了真核生物转座子鉴定、分类和注释的3个步骤:(1)重复序列库的构建;(2)重复序列的校正和分类;(3)基因组注释.着重介绍了每一步骤所采用的不同计算方法,比较了不同方法的优缺点.只有把多种方法结合起来使用才能实现全基因组转座子的精确鉴定、分类和注释,这将为转座子的全基因组鉴定和分类提供借鉴意义.

关键词：真核生物、重复序列、转座子、鉴定、分类

所属期刊栏目：34

分类号：R37;S85

资助基金：西南大学研究生科技创新基金项目优博项目kb2010106

在线出版日期：2012-09-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：1009-1019