利用全基因组连锁不平衡估计中国荷斯坦牛有效群体大小

摘要：

有效群体大小是群体遗传学研究的一个重要内容,有助于我们更清楚地了解群体的遗传变异、进化和复杂性状的遗传机制等.随着高密度SNP标记的出现,越来越多的研究利用SNP标记间连锁不平衡估计有效群体大小.文章采集北京地区中国荷斯坦牛2 093个样本,并利用牛SNP芯片(Illumina BovineSNP50,含5 4001SNPs)进行基因型测定,估计不同世代中国荷斯坦牛的有效群体大小.质量控制标准设定为SNP检出率0.95,最小等位基因频率＞0.05,样本检出率0.95,哈代温伯格平衡检验显著性水平P＜0.0001.经过质量控制,共1 968个样本和38 796个SNPs用于连锁不平衡分析.文章选取SNP间距0.1、0.2、0.5、1、2、5、10、15 (Mb),估计中国荷斯坦牛在4世代之前有效群体大小.结果表明,中国荷斯坦牛的有效群体呈逐代下降趋势,至4世代前,中国荷斯坦牛平均有效群体为45头左右.

关键词：中国荷斯坦牛、有效群体、连锁不平衡

所属期刊栏目：34

分类号：S82;S85

资助基金：国家自然科学基金项目30800776;国家高技术研究发展计划863计划项目2008AA101002

在线出版日期：2012-04-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：50-58