利用深度测序技术检测玉米根系和叶片中已知的microRNAs

摘要：

microRNA(miRNA)是一类具有20～24 nt核苷酸长度的非蛋白质编码的内源小分子RNA,它在植物生长发育和逆境胁迫响应等过程中发挥着重要作用.文章利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度测序技术,结合生物信息学的方法对玉米根系和叶片中已知miRNA的类型,丰度及靶基因进行了分析.研究发现,在根系中共检测到92个已知的miRNA,分别属于18个miRNA家族,其表达丰度在1～105943之间;在叶片中,共发现86个已知的miRNA,分别属于17个miRNA家族,其表达丰度在1～85973之间.靶基因预测结果表明,根系中的18个miRNA家族共靶向54个蛋白,进一步的功能预测发现,这些基因涉及了转录调控,物质能量代谢、电子传递、胁迫响应和信号转导等过程.以上研究结果表明,就已知的miRNA而言,无论是miRNA的类型还是表达丰度,在玉米根系和叶片中都存在较大差异.

关键词：玉米、microRNA、深度测序、丰度分析、靶基因预测

所属期刊栏目：32

分类号：S85;S71

资助基金：国家自然科学基金项目30900901;转基因生物新品种培育重大专项2008ZX08003-003

在线出版日期：2011-01-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：1175-1186