玉米microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

摘要：

microRNAs(miRNAs)是一类非编码的小分子RNA,通过碱基互补调控靶基因的表达.鉴定和发现新的miRNAs及其靶基因,对揭示miRNAs在基因表达调控中的作用至关重要.玉米全基因组测序工作开展较晚,已经鉴定登记的miRNAs很少,对靶基因的调控作用尚待解明.文章根据miRNA进化上的保守性,以已知的植物miRNAs为探针,与相关数据库中玉米表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)中的非编码序列比对,共发现11个新的miRNA前体.虽然在序列长度和二级结构方面各有变化,但这11个前体均可折叠形成miRNA家族的标准二级结构.通过靶基因预测,找到其中7条miRNAs的26个靶基因,分别编码与新陈代谢、信号转导、转录调节、跨膜运输、生物和非生物胁迫及叶绿体组装等相关的蛋白.这些miRNAs及其靶基因的鉴定,补充了miRNA数据库的不足.

关键词：生物信息学、玉米、microRNA、预测、靶基因

所属期刊栏目：31

分类号：R39;TP2

资助基金：国家自然科学基金项目30571172和30971795

在线出版日期：2010-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1149-1157