小鼠睾丸特异表达基因TSEG-1的克隆及序列分析

摘要：

从表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)数据库ZooDDD中获得小鼠正常睾丸表达的EST,通过dbEST数据库检索出与其高度同源的EST序列,构建EST叠加群(contigs),Biolign软件拼接,GeneScan软件预测contigs对应的基因组序列中的外显子、内含子;针对开放阅读框设计引物序列,采用RT-PCR从小鼠睾丸组织中克隆新基因的cDNA,分析该基因在小鼠各脏器中的mRNA表达,并对测序结果进行生物信息学分析.结果表明:在小鼠X染色体的1668～2 011 kb间克隆出一新基因TSEG-1,全长为510 bp,开放阅读框为336 bp,编码111氨基酸,分子量12.84258 kDa,等电点11.4000.RT-PCR证实该基因开放阅读框正确,在小鼠睾丸组织中特异性表达,且与小鼠其他cDNA无同源性,获得GenBank登录号EU079024.功能区分析发现TSEG-1蛋白可能为一种跨膜蛋白,跨膜区位于第41～61氨基酸残基.TSEG-1基因与人类睾丸特异性组蛋白2α变异体基因有较高同源性,在TSEG-1基因5'-端非编码侧翼预测发现存在1个启动子区域,范围为680 bp.TSEG-1蛋白可能有4个抗原性位点,2个特异性蛋白激酶的磷酸化位点,其亚细胞定位可能位于线粒体.小鼠睾丸特异性基因TSEG-1的克隆为进一步研究其生物学功能和表达调控奠定了基础.

关键词：小鼠、睾丸、表达序列标签、9TSEG-1、生物信息学

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分类号：R3(基础医学)

资助基金：国家冉然科学基金30200284;30600278;30772359;教育部跨世纪优秀人才培养计划

在线出版日期：2008-05-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：352-358