基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法

摘要：

多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的,其中很多包含伪结.而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多 RNA二级结构预测算法都不能预测伪结.文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法.该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息,通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对.测试结果表明:此方法几乎能预测到所有的伪结.与其他方法相比,敏感度接近最优,而特异性达到最优.

关键词：RNA 二级结构、伪结、协变信息、最小自由能

所属期刊栏目：29

分类号：Q3(遗传学)

资助基金：国家自然科学基金60673018;湖南省自然科学基金06JJ4123

在线出版日期：2007-08-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：889-897