结肠腺瘤-正常文库的生物信息学分析

摘要：

为进一步分析腺瘤相对正常SSH文库(A-N)的差异表达候选基因的表达谱,结合通用的生物信息学软件,自行开发、搭建包括核酸自动分析平台及GetUni软件包的生物信息学平台,实现了将A-N文库109个差异克隆序列与本地下载的非冗余核酸数据库、人UniGene数据库比对、聚类,至获取差异表达候选基因的自动化分析.对这些基因进行GOTM(GOTree Machine)初步生物信息学分析及RT-PCR验证.结果共发现62个候选基因,包括6个核糖体蛋白成员,6个免疫相关基因.Reg4和FAM46A两个基因出现频次最高,分别为13次和4次,半定量RT-PCR显示这两个基因分别在10/10和9/10例腺瘤相对正常黏膜表达上调.对于这些差异表达候选基因的进一步分析和研究将有助于揭示结肠腺瘤发生的分子机制.

关键词：结肠腺瘤、黏膜、基因表达、UniGene

所属期刊栏目：28

分类号：R735.2(肿瘤学)

资助基金：中国科学院资助项目30371605,30370636

在线出版日期：2006-04-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：385-392