基于PC/Linux的核酸序列电子延伸系统的构建及其应用

摘要：

新基因全长cDNA序列的获得常常是分子生物学工作者面临的难题.人类基因组计划及其相关计划的实施导致了大量表达序列标签(EST)的产生.利用一定的生物信息学算法,这些EST序列往往可用来对新基因片段进行延伸.采用Linux操作系统,利用Blast软件和Phrap软件以及EST数据库在微机上构建了EST序列的电子延伸系统,并对来自于人胎肝的11386条EST序列和511条插入片段全长cDNA序列进行了电子延伸,结果显示8373条EST序列和389条插入片段全长cDNA序列得到了程度不等的延伸,部分结果通过RACE实验得到证实.该套系统可高效地、规模化进行EST序列的延伸,可为通过实验获得新基因全长cDNA序列提供重要线索.

关键词：生物信息学、表达序列标签、cDNA、电子序列延伸、微机、Linux操作系统

所属期刊栏目：24

分类号：Q754(分子遗传学)

资助基金：军事医学科学院科研项目9905105;国家高技术研究发展计划863计划863-102-10-04-04;国家自然科学基金39620514;国家自然科学基金39730310,39970247;国家自然科学基金39900041,39900074

在线出版日期：2004-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：50-54