基于Jensen-Shannon差异的可变剪接分析

摘要：

针对传统方法仅能分析基因的单一可变剪接模式的问题,设计了一种基于Jensen-Shannon(JS)差异的生物信息学方法ASAT,用以分析基因在转录本水平的多可变剪接模式.将ASAT应用于小鼠转录因子Klf1敲除实验的RNA-Seq数据,预测出12个发生了可变剪接变化的基因,并在转录本水平对这些基因的可变剪接模式进行了分析.通过基因功能富集分析,发现其中有两个基因Timp1、Gm13654与Klf1能够显著富集在红血球发育、分化及动态平衡的生物过程.结果表明,ASAT可预测到与生物功能相关的可变剪接基因,并能够分析转录本水平的可变剪接模式.

关键词：可变剪接、Jensen-Shannon差异、RNA-Seq、基因功能富集分析

所属期刊栏目：30

分类号：Q7;Q81;TP391

资助基金：中国博士后科学基金资助项目2012M511335,2012M511336;中央高校基本科研业务费专项基金资助项目2010QNA47,2010QNA50;霍英东教育基金会青年教师基金资助项目121066

在线出版日期：2013-03-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：61-66