融合时序保持特征和蚁群聚类的动态PPI网络复合物识别

摘要：

由于蛋白质的相互作用是动态变化的,因此使用常规检测方法从静态PPI网络数据中识别蛋白质复合物具有一定的局限性.本文结合时序基因表达数据,提出了一个基于时序功能保持特征和蚁群聚类的复合物检测算法.算法首先根据相邻时刻的子网结构,选出在相邻时刻都具有表达活性的种子节点集合.然后结合复合物的保持特征,构建一组与前一时刻复合物集合具有功能相似性的初始蛋白质簇集合,并利用蚁群聚类的拾起、放下规则,完成对其他蛋白质的聚类,从而形成最终的复合物.实验结果表明使用时序功能保持特征可以提高复合物预测的准确性,与其他方法相比,新算法在精度方面也具有较好的性能.

关键词：动态PPI网络、蛋白质复合物、功能保持、蚁群聚类

所属期刊栏目：38

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金项目61375059;河南省科技攻关项目142102210588;河南省科技计划项目142300410044;河南省教育厅科学技术研究重点项目14A520057,15B520022;南阳师范学院校级项目QN2015015,QN2017040,QN2015033

在线出版日期：2017-08-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1311-1316