一种基于折叠模式识别的蛋白质结构片段库构建方法

摘要：

片段组装方法是从头预测蛋白质三维结构的一类重要方法.现有的基于序列相似的片段库质量限制了低同源目标的预测精度,所以寻找与天然结构更加拟合的已知蛋白质结构片段来构建高质量的片段库是片段组装方法的一项重要任务.本文利用SCOP数据库中的三维结构相似性,对SCOP的折叠模式进行预测,提取预测出的相同折叠模式的已知蛋白质结构的信息,生成保存残基信息的数据库(Vall库).然后将目标蛋白质序列分割成的残基片段与Vall库进行综合评价后生成一种新的片段库,该片段库可以用于一个骨架预测并行蚁群算法.将本文方法与蛋白质结构预测程序RosettaAbinitio的基于序列的片段库进行了比较,实验结果表明采用本文方法的片段库可以找到更接近天然构象的蛋白质结构.

关键词：蛋白质折叠模式、片段库、SCOP

所属期刊栏目：34

分类号：TP311(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金项目60970055,61170125

在线出版日期：2013-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：356-359