一种最小创建者集合的构建算法

摘要：

最小创建者集合问题(the Minimum Founder Set problem,MFS)是求解重组体的嵌合体结构或创建者集合的有效模型,提出一种求解访问题的构造性启发式算法H-MFS.在嵌合体中的最小片断长度须不小于L的模型约束下,各重组体的前L列之间及最后L列之间均不能出现断点.基于这个思想,该算法将创建者序列的基因位点分成三个部分分别构建.采用两组真实的生物数据对算法进行测试分析:1.Kreitman的果蝇乙醇脱氢酶数据；2.国际人类基因组单体型图计划发布的CEU种群样本.实验结果显示,该算法能快速有效地求解MFS问题,并且当重组体的SNP位点个数取值较大时,H-MFS仍具有较高的执行效率,有很好的实用价值.

关键词：最小创建者集合问题、重组体、创建者、算法

所属期刊栏目：33

分类号：TP18(自动化基础理论)

资助基金：广西自然科学基金项目2011GXNSFB018068,2011GXNSFB018070

在线出版日期：2012-11-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1316-1319